Los peces nativos del río Sonoyta, como el cachorrito del Sonoyta (Cyprinodon eremus) y el pupo panza verde (Agosia chrysogaster), representan una parte fundamental de la biodiversidad acuática del desierto sonorense, adaptados a condiciones extremas de temperatura, salinidad y caudales variables, el cachorrito del Sonoyta es un pez pequeño y resistente que habita manantiales, pozas y tramos aislados del río, capaz de sobrevivir en ambientes donde pocas especies pueden persistir, mientras que el pupo panza verde se distingue por su cuerpo alargado y su coloración verdosa, asociado a corrientes someras y fondos arenosos o gravosos, ambas especies cumplen un papel ecológico clave al formar parte de la base de la cadena alimenticia y contribuir al equilibrio de los ecosistemas acuáticos locales, sin embargo, su supervivencia se ve amenazada por la sobreexplotación del agua, la modificación del cauce y la introducción de especies exóticas, por lo que su conservación es esencial para mantener la identidad biológica y ecológica del río Sonoyta.